Eso es porque tu 'if' lo unico que hace es verificar si 'objeto1' esta definido, tenes que definir una variable con el estado de la puerta, asi:
objeto1 = createObject ( 2990, -2046.80005, -115.3, 38.1, 0, 0 ,90 )
state = false
addEvent ( "PuertaN1", true )
addEventHandler ( "PuertaN1", root,
function ( )
if ( not state ) then
moveObject ( objeto1, 6000, -2046.80005, -115.3, 3.1 )
state = true
else
moveObject ( objeto1, 6000, -2046.80005, -115.3, 38.1 )
state = false
end
end
)