MTA не отслеживает замену gta_sa.exe однако она отслеживает нестандартное поведение (причем менять погоду можно). Убедитесь что туда не внедрены различные хаки.
"attemp to compare number with string"
попытка сравнить число со строкой, приведи оба значения либо к числам, либо к строкам через функции tonumber, tostring.
Логично, ты при вызове команды удаляешь все машины =\
Тебе нужно при вызове команды получать элемент игрока первым аргументом затем узнавать сидит ли он в машине через https://wiki.multitheftauto.com/wiki/GetPedOccupiedVehicle
После чего полученный элемент удалять.