De acordo com o código, somente os Ajudantes estão sendo proibidos de usar.
Eu trocaria sua segunda linha por essa:
if not hasObjectPermissionTo (thePlayer, "command.mute", false) then outputChatBox ("Permissão negada!", thePlayer, 255, 0, 0) return end
Se o jogador não tiver permissão para mutar outros jogadores, então manda a mensagem pra ele e nada acontece. Dessa forma, todo o Staff (jogadores com permissão de mutar) terão acesso.