Olá.
Sobre proteção de scripts, a melhor forma, em minha opinião, é usando fetchRemote + SMS/E-mail. O script só será ativado se o responsável pelo número de telefone ou e-mail aceitar que ele seja ligado, recebendo um código ou algo do gênero.
Se você deseja criptografar arquivos como áudios (.mp3, .ogg, .cmf), imagens (.png, .jpg), shaders (.fx), o que eu recomendo e uso até hoje, é esta API: https://developers.convertio.co/pt/.
É necessário algum conhecimento para trabalhar com este. (E lembrando que para fazer isso, é preciso ativar o SD #22 e #23, dentro do seu servidor, para que arquivos com extensões desconhecidas pelo MTA sejam carregadas.)